La mayor fuente de contaminación de las aguas subterráneas es debido a la actividad humana ya sea por la disposición y depósito de residuos, o por la emisión de residuos derivadas de actividades humanas.

Para entender hablaremos de las principales fuentes por las cuales se pueden contaminar las aguas subterráneas.

1. Residencial

Dentro de esta fuente existen 3 actividades principales.

1. Las aguas residenciales contienen grandes cantidades de contaminantes, bacterias, virus, nitratos, materia orgánica y residuos humanos. Los sistemas sépticos son una gran preocupación si se localizan cerca de pozos y sistemas que alimentan las aguas de uso doméstico. 
2. Almacenamiento y mala disposición de químicos domésticos como pinturas, aceites solventes, desinfectantes, químicos para piscinas, pesticidas, combustibles, baterías, estos productos al ir a vertederos terminan generando residuos que llegan a las aguas subterráneas.
3. Residuos que se tiran o entierran en el suelo, los cuales contaminan y penetran en las aguas subterráneas.

2. Natural

No todas las fuentes de contaminación provienen de las actividades del hombre.

El agua subterránea tiene algunas impurezas, el tipo de concentración de estas impurezas depende en gran medida de la naturaleza del material geológico por donde se mueve el agua, las rocas y los suelos sedimentarios pueden sucederse de grandes cantidades de componentes como el magnesio, calcio y cloruros. En algunos acuíferos las concentraciones de arsénico, boro y selenio pueden llegar a altos niveles.

3. Agrícola

Las fuentes de contaminación agrícola son numerosas, entre ellas se encuentran: el uso de pesticidas, fertilizantes, herbicidas y sus derrames, los residuos animales, el incorrecto almacenamiento de químicos agrícolas cercano a conductos de agua subterráneas, y también son una probable fuente de contaminación los pozos abiertos y abandonados.

4. Industrial

Los procesos industriales requieren altas cantidades de agua para sus procesos, ya sea para enfriamiento, aguas de proceso y con fines de limpieza. La contaminación con estas aguas usadas ocurren cuando por derrames, fugas o mal manejo vuelven al ciclo hidrológico. 

Para evitar este tipo de contaminación existen sistemas de tratamientos de aguas residuales, pero algunas empresas carecen de este tipo de sistemas utilizando letrinas o agujeros secos, cualquiera de estas formas de disposición pueden llevar a la contaminación de aguas subterráneas.

Igualmente los tanques de almacenamiento tanto superficiales o subterráneos de productos como petróleo, ácidos y químicos pueden estar afectos a fugas debido a la corrosión, a la instalación inadecuada o a fallos de tuberías y acoples. 

Cuando la contaminación ha ocurrido y alcanza una gran extensión la regeneración es técnica y económicamente imposible, en algunos casos se llega a recurrir a la remoción de tierras, aislamiento de residuos, bombeo de la superficie de acuífero y la construcción de barreras impermeables o filtrantes para acuíferos poco profundos.